Azadeh Arabi och hennes kollegor vid Karolinska institutet har studerat hur proteiner som påverkar cancerceller regleras av enzymet FBW7. Enzymet kan förhindra cancerutveckling genom att bromsa cellernas tillväxt och delning. Celler som saknar FBW7 kan bli mindre känsliga för behandling med cellgifter. I sin forskning har de lyckats identifiera och kartlägga protein som kontrolleras av FBW7.
-Vi har använt en ny metod som kallas proteomik som gjort det möjligt för oss att titta på 100-tals proteiner i en cell istället för en åt gången, säger Azadeh Arabi, forskare vid institutionen för cell- och molekylärbiologi som tillsammans med docent Olle Sangfelt koordinerat projektet.
Syftet var att hitta nya proteiner som regleras av enzymet FBW7. Med den nya tekniken hittade de hela 89 stycken proteiner som troligen regleras av just FBW7 varav ett, NFkB, var extra intressant. Just NFkB har förknippats med flera typer av inflammatoriska sjukdomar och är också ett mål för flera olika typer av läkemedel. Ganska snart insåg de att arbetet skulle gå mycket bättre om det hittade samarbetsparter från andra discipliner och andra delar av världen.
– Vi kontaktade ett antal labb ibland annat USA, Skottland och Nederländerna som sysslar med just NFkB vilket gjorde att vi kom framåt i arbetet. Det har blivit en hel del Skypemöten. Vi har också jobbat tillsammans med Sci Life Lab här i Stockholm som har tekniken för att utföra analyser av proteomiken.
Azadeh Arabi menar att just samarbetet mellan de olika grupperna är det som gjort projektet lyckat.
– På Sci Life Lab är de väldigt tekniskt inriktade medan vi har den cellbiologiska kunskapen och vi har kompletterat varande väldigt bra. Samarbetet med de andra labben har gjort att vi fått kunskap och metoder men även rent praktiskt har vi fått hjälp med reagenser och liknande.
– Interaktionen är viktig och min erfarenhet är att det inte alltid är så lyckat att bara lämna en lista över vad man vill att protomikforskarna ska titta på utan att istället gemensamt komma fram till frågeställningar och metoder.
Forskarna kom fram till att enzymet FBW7 reglerar mängden NFkB i cancercellerna. Om det uppstår fel i den processen kan innebära en minskad känslighet mot cellgiftsbehandling. De upptäckte också att cancerceller som saknar FBW7 och därför har höga nivåer av NFkB kan bli mer känsliga för cellgifter om man sänker nivåerna av Nfkb. Nyligen publicerades forskarnas resultat i Nature Communications.
Nu står det på önskelistan att gå vidare för att titta på vilken roll det här proteinet spelar i olika typer av cancer. Hittills har de bland annat tittar på prover från patienter med ALL. Akut lymfatisk leukemi. Azadeh Arabi vill också gå vidare och undersöka de andra 88 proteinerna som regleras av FBW7.
– Människans proteom är väldigt dynamiskt och mer föränderligt än genomet. Vilka proteiner som bildas beror på många olika faktorer, till exempel vilken fas i cellcykeln cellen befinner sig i. Med i och med att tekniken utvecklas så ger det oss ökade möjligheter, säger Azadeh Arabi.
