Avtalets syfte är att göra det lättare för de båda myndigheterna att samarbeta i säkerhetsfrågor som rör bland annat läkemedel. Det kan till exempel handla om uppgifter om produkters säkerhet som ännu inte gjorts offentlig men som berör både Europa och Kanada. I och med avtalet kan regulatoriska åtgärder göras samtidigt på flera håll.
Läkemedelsverket har sedan tidigare liknande avtal med amerikanska FDA och HSA i Singapore. Avtalet med Health Canada gäller tills vidare.