Apoteket AB har själv ansökt om en minskad handelsmarginal med totalt 322 miljoner kr. Anledningen är att avtalet mellan Apoteket och staten från och med årsskiftet inte längre omfattar en generell ersättning för dosdispensering. Den ska istället betalas av de kommuner och landsting som efterfrågar tjänsten. Läkemedelsförmånsnämnden (LFN) har alltså beslutat i linje med Apotekets begäran och den nya marginalen gäller från och med den 1 januari 2005.
Apotekets kommer att tappa intäkter motsvarande 317 miljoner kronor för 2005 på grund av den ändrade handelsmarginalen. Samtidigt förlorar Apoteket ytterligare fem miljoner konor när tillägget för att blanda till vissa beredningar av penicillin, det så kallade blandningstillägget, tas bort.
Det nya sättet att konstruera marginalen innebär att en enskild förpackning kan komma att bli upp till 48 kronor billigare på apoteket.