Apoteket ansökte om en höjning av handelsmarginalen för att kompensera för ökade kostnader såsom ägarens utdelningskrav, generisk substitution, dosdispenseringssystemet och delbetalningssystemet. Apoteket hade begärt ett tillskott om 200 miljoner kronor.
I sitt beslut menar LFN att en marginaljustering med anledning av att ägaren, staten, utformar sina utdelningskrav på nytt sätt inte är motiverat. Vidare leder prissänkningar och patentutgångar till lägre ersättning till Apoteket eftersom marginalen är omsättningsrelaterad. LFN menar istället att hela marginalkonstruktionen bör ses över, ett arbete som för närvarande pågår i regeringskansliet.
Angående både delbetalnings- och dosdispenseringssystemen ska dessa enligt det nya avtalet mellan Apoteket och staten vara självfinansierande genom ersättning från dem som köper tjänsterna. Därmed kan inte heller detta ge anledning till extra pengar.
