Hittills har forskare varit begränsade till att köra ett fåtal DNA-prov i taget till en kostnad om 100 000 kronor varje gång. Nu har ni tagit fram en metod som kan kapa kostnaden per provsvar avsevärt. Det är till och med världsrekord i antal prover körda i en enda DNA-sekvens, stämmer det?
– Ja det stämmer, ingen annan har lyckats analysera så här många prover i en enda körning. I stället för att analysera 10 eller 100 prover har vi kunnat analysera 5?000 samtidigt. Det innebär också en sänkt kostnad från 10?000 kronor per prov till runt 20 kronor provet.
Hur kom ni på idén?
– Vi såg att dagens DNA-analystekniker är underutnyttjade när det gäller kortare sekvenser som en gen och när många prover ska köras samtidigt. Vi tänkte att det måste finnas ett sätt att effektivisera processen.
Hur gick ni till väga?
– Tillsammans med min kollega Afshin Ahmadian har jag utvecklat en metod som går ut på att märka varje prov med en unik streckkod och på så sätt kan alla prover blandas i ett provrör och analyseras samtidigt utan att blandas ihop.
– Rent praktiskt fördelas proverna på plattor med 96 positioner. Varje prov märks upp med en DNA-streckkod för den position på plattan de har och ytterligare en kod för vilken platta de finns på. Genom den dubbla märkningen ökar antalet möjliga kombinationer med nästan 100 gånger. Framöver kommer vi nog att kunna skala upp metoden ytterligare för att kunna analysera ännu fler prover.
I vilka sammanhang har man nytta av den nya tekniken?
– Inom den medicinska grundforskningen finns många applikationer, men också för kliniska tillämpningar och diagnostik. Det kommer att få stor betydelse för DNA-forskningen. Redan nu, innan metoden är officiell, finns flera projekt på Science for Life Laboratory som står i kö för att använda metoden.
– Ett exempel är cancerforskningen där det är en fördel att kunna sekvensera samma gen för flera tusen människor och där det är viktigt att kunna se vilka celler och gener som är involverade i cancern. Metoden kan också bli en resurs för sjukhus som behöver analysera prover från många olika patienter.
– En annan tillämpning är vid organtransplantation där det krävs många DNA-analyser för att kunna bygga upp en databas där man kan matcha organdonatorer med mottagaren av transplantatet.
Hur är det med läkemedelsforskningen?
– I förlängningen har läkemedelsforskare nytta av metoden, men de första projekten som ska starta upp nu är medicinsk grundforskning. Man kanske vill veta vilka gener som uttrycks i olika typer av celler, till exempel vilka som uttrycks i huden, i blod, i hår och så vidare. Sammanlagt blir det en massa celltyper och om man också vill jämföra olika individer blir det tusentals prover. Då har man naturligtvis stor användning av vår metod.
Var det din egen forskning på hundens ursprung som visade på behovet?
– Ja det kan man säga. Vi behöver en metod för att köra DNA-sekvenser storskaligt och det har inte funnits tidigare. I det här fallet hade vi ungefär 5?000 prover från hund och vi ville titta på en immunförsvarsrelaterad gen på ett enkelt och snabbt sätt.
– Frågeställningen kan ju betraktas som medicinsk grundforskning genom att man vill undersöka den genetiska variationen för en specifik gen. Men i det här fallet var det alltså en veterinärmedicinsk utgångspunkt.
– Så det var behovet som styrde oss in på projektet. Det i sin tur ledde till den pilotstudie som nu har publicerats i tidskriften PLoS ONE.
