Mathias Uhlén är verksam vid Kungliga Tekniska Högskolan i Stockholm där han ansvarar för projektet Human Protein Atlas, HPA, en världsunik kartläggning av människans samtliga proteiner. HPA är ett samarbete mellan KTH och Uppsala Universitet och en direkt fortsättning på HUGO-projektet där människans arvsmassa kartlades. Målet är att sammanställa en bildatlas med de cirka 30 000 proteintyper som finns i den mänskliga kroppen.
Kunskaper om proteinerna är viktig för att förstå livsprocesser och sjukdomsförlopp i kroppen och spelar också en nyckelroll vid utveckling av nya läkemedel.
Mathias Uhlén har sedan 1980-talet arbetat med att utveckla effektiva metoder för att utvinna och rena mänskliga proteiner. Han har ett sjuttiotal patent inom området och har varit med om att grunda flera bioteknikföretag, till exempel Affibody och Atlas Antibodies AB.