Många remissinstanser köper inte heller förslaget i delbetänkandet om att kombinera dagens värdebaserade prissättningssystem med en internationell referensprissättning, IRP. En av dessa är Apotekarsocieteten. Skälen som societeten anger är bland annat att en blandning av två system skulle bli svårtolkade för aktörerna, men också att IRP till skillnad mot det värdebaserade systemet inte gynnar framtagande och introduktion av nya läkemedel.
När det gäller samarbetsavtal mellan läkemedelsföretag och sjukvården för att förhandla ned priserna på läkemedel är Apoteksföreningen negativ. Vinnare kommer att bli företag med lägst pris. Det i sin tur innebär att kunskap om effekten av de olika läkemedlen i klinisk behandling försvinner menar föreningen som också påpekar att parallellhandeln kan sättas ur spel. Negativ är också Apotekarsocieteten som menar att förslaget motverkar målet om en jämlik vård i hela landet. Apotekarsocieteten varnar också för långdragna domstolsprocesser som skulle fördröja tillgången till nya effektiva läkemedel.
När det gäller 24-timmars regeln, det vill säga att apoteken inom ett dygn ska ta hem ett läkemedel som en kund efterfrågar, är Apoteksföreningen nöjd med att den ska ses över och vill att regeln om den ska finnas kvar också ska gälla de andra leden i försörjningskedjan. Däremot vill föreningen inte ha ett gemensamt lagersystem för alla apotek, det vill säga att Apotekens Service skulle kunna lämna ut uppgifter till öppenvårdsapoteken om vilket eller vilka apotek som har ett läkemedel i sitt lager.
Bland patientorganisationerna är Reumatikerförbundet mycket kritisk till hur utredningen arbetat. Enligt förbundet har utredarna inte kallat till några formella möten, något som de anser borde ha varit självklart.